Заповеди

 Дирекция "Вътрешен одит"

 Дирекция "Финансово-стопанска дейност"

 Дирекция "Правна"

 Дирекция "Административно и информационно обслужване, връзки с обществеността и инвестиции"

 Дирекция "Координация и контрол"

 Дирекция "Растителна защита и контрол на качеството на пресни плодове и зеленчуци"

 Дирекция "Продукти за растителна защита, торове и контрол"

 Дирекция "Здравеопазване и хуманно отношение към животните"

 Дирекция "Контрол на ветеринарномедицинските продукти"

 Дирекция "Контрол на храните"

 Дирекция "Лабораторни дейности"

 Дирекция "Управление на качеството"

 Дирекция "Граничен контрол"

 Дирекция "Контрол на фуражи"

 Дирекция "Европейска координация и международно сътрудничество"

 Дирекция "Обучение и квалификация"

 Други