Заповеди
Дирекция "Вътрешен одит"
Дирекция "Финансово-стопанска дейност"
Дирекция "Правна"
Дирекция "Административно и информационно обслужване, връзки с обществеността и инвестиции"
Дирекция "Координация и контрол"
Дирекция "Растителна защита и контрол на качеството на пресни плодове и зеленчуци"
Дирекция "Продукти за растителна защита, торове и контрол"
Дирекция "Здравеопазване и хуманно отношение към животните"
Дирекция "Контрол на ветеринарномедицинските продукти"
Дирекция "Контрол на храните"
Дирекция "Лабораторни дейности"
Дирекция "Управление на качеството"
Дирекция "Граничен контрол"
Дирекция "Контрол на фуражи"
Дирекция "Европейска координация и международно сътрудничество"
Дирекция "Обучение и квалификация"
Други